En 1990, le CICR est l’une des rares organisations humanitaires actives en Afghanistan avec l’accord à la fois des autorités gouvernementales et des mouvements d’opposition engagés dans la guerre civile. L’année précédente, deux sous-délégations avaient été créées à Herat et à Mazar-i-Sharif, dans la continuité d’une expansion progressive des activités de l’organisation dans le pays, entamée en 1987.
La délégation de Kaboul et les deux sous-délégations comptent alors près de 700 employés afghans et 100 expatriés, dont deux tiers de personnel médical. La majorité du personnel médical est envoyé par les Sociétés de la Croix-Rouge de divers pays européens, d’Australie, du Canada et de Nouvelle-Zélande.
À partir du mois d’avril, les équipes du CICR se rendent régulièrement, avec l’accord de toutes les parties concernées, dans des zones tenues par l’opposition, mais aussi dans des villes et des secteurs contrôlés par le gouvernement. Elles soignent les blessés et évacuent les personnes les plus gravement touchées vers l’hôpital chirurgical de Kaboul. Après avoir reçu les soins nécessaires, les blessés sont ramenés dans les zones tenues par l’opposition. Une autre avancée notable se produit en avril, avec la première d’une série de missions médicales conjointes, réunissant des équipes du CICR du Pakistan et des collègues de Kaboul.
Les délégués du CICR chargés de la recherche des personnes disparues transmettent des messages Croix-Rouge entre Kaboul et le Pakistan, où de nombreuses personnes fuyant le conflit ont cherché refuge. Le CICR permet aussi aux prisonniers et à leurs familles, à Kaboul comme dans diverses provinces, d’échanger des messages. Au total, 7968 messages Croix-Rouge sont distribués en Afghanistan en 1990.
Le CICR rend aussi visite à des détenus placés sous l’autorité du ministère de l’Intérieur. Au cours de ces visites, l’organisation leur distribue régulièrement de l’assistance, sous forme de vivres, de vêtements, de couvertures et d’autres articles. La moitié de ces fournitures est distribuée à l’intérieur de la prison de Pul-i-Charkhi, à Kaboul.
En 1990, pour la première fois, les délégués en poste dans les territoires contrôlés par le gouvernement sont en mesure de rendre visite à des personnes détenues par les forces d’opposition. Des délégués de la sous-délégation de Mazar-i-Sharif rencontrent des personnes détenues par deux groupes d’opposition, en mai et en juillet. D’autres visites à des personnes détenues par l’opposition afghane sont réalisées à partir du Pakistan.
Le 6 mars 1990, une tentative de coup d’État fait environ 100 morts et 300 blessés, dont 46 sont emmenés à l’hôpital de chirurgie de guerre du CICR à Kaboul. Les admissions à l’hôpital atteignent un niveau sans précédent (plus de 500 patients) au mois d’août, quand la capitale est visée par de lourds bombardements et des attaques de roquettes. C’est lors de l’une de ces attaques que Mohammed Osman perd tragiquement la vie. L’hôpital, ouvert en octobre 1988 avec 50 lits, en compte 280 à la fin de 1990. Entre janvier et décembre de cette année, l’hôpital du CICR à Kaboul soigne 4088 patients.
Le CICR maintient son soutien à dix cliniques de la Société du Croissant-Rouge afghan à Kaboul, ainsi que d’autres à Herat et à Mazar-i-Sharif. Au cours de l’année 1990, le centre orthopédique de Kaboul, opérationnel depuis 1988, produit 3682 paires de béquilles, 1333 prothèses et appareille 1213 nouveaux patients. L’organisation continue aussi à former des techniciens orthopédistes et des physiothérapeutes locaux. La construction d’un centre orthopédique plus vaste est entreprise pour remplacer les locaux existants et permettre au CICR ainsi qu’au personnel local de répondre aux besoins croissants. Une unité orthopédique de terrain est créée à Mazar-i-Sharif ; chaque mois, jusqu’à 40 amputés y sont appareillés de prothèses ou viennent les faire réparer.
Tout au long de l’année 1990, le CICR poursuit ses efforts pour soutenir la Société du Croissant-Rouge afghan, y compris par la reconstruction du centre administratif de la Société nationale, endommagé par des tirs de roquettes. Le Croissant-Rouge reçoit quatre véhicules (dont deux offerts par la Croix-Rouge néerlandaise) pour l’aider à renforcer ses capacités logistiques et à élargir son service d’ambulances.